Ist der Adobe Reader installiert, werden PDFs standardmäßig innerhalb des Browser geöffnet mit dem Plugin-System.
Es gibt verschiedene Gründe, warum man den PDF-Viewer nicht direkt im Browser ausführen will. Zum einen ist der Reader in letzter Zeit für seine Sicherheitslücken negativ aufgefallen. Zum andern kann ein kaputtes Plugin den ganzen Browser mit sich reißen.
Um den Zustand einzustellen, daß der Acrobat Reader als externe Anwendung geöffnet wird (und damit der Browser-Prozeß unabhängig von ihm ist) genügt eine Einstellung im Adobe Reader:
Preferences - Internet - Display PDF in browser
Ein Nachteil soll nicht verschwiegen werden: Ein explizites Reload auf eine PDF-Datei ist so nicht mehr möglich.
Update: Offenbar reicht diese Einstellung im Reader nicht in allen Fällen aus. In Firefox selbst muß man noch in Extras - Einstellungen - Anwendungen alle Einträge bei denen "Adobe Acrobat (in Firefox) verwenden" steht auf die externe Anwendung umstellen.